MySQL empezó como un proyecto de programación en los inicios de los los años 90, por un programador sueco que decidió crear su propio gestor de datos para la aplicación que estaba desarrollando. Creo asi un nuevo interface SQL para su base de datos mejorando el API de mSQL. para conectar con ficheros ISAM.

Pronto MySQL fue el número 1 en rendimiento en el ámbito de las bases de datos de código abierto.

Y se crea una empresa sueca, llamada Tux dedicada a crear nuevas versiones de MySQL y comercializarlo en ciertos casos.
Hoy en día, MySQL es un proyecto dirigido por una empresa de reciente creación, MySQL AB. Esta empresa está potenciando el uso de MySQL y ha creado un producto integral de servidor de aplicaciones (NuSphere).